網絡藥理學 - 城邦阅读花园


	網路藥理學是大資料和人工智慧時代藥物系統性研究的新興交叉學科，強調從系統層次和生物網路的整體角度出發，解析藥物及其治療物件之間的分子關聯規律。該學科既體現了疾病和藥物系統性研究的新趨勢，又符合中醫藥的整體思維與實踐，為系統理解藥物和疾病相互作用機制、中醫藥複雜體系研究、新藥研發與評價等提供了新思路、新方法、新技術，有望促進中西醫藥研究從“還原論”到“系統論”的發展，推動建立“下一代藥物研究模式”。本書是專門介紹網路藥理學理論、方法和應用的中文專著。全書共分為9章：第1章介紹網路藥理學概念與理論以及發展歷史；第2、3、4章分別介紹基於人工智慧演算法的網路藥理學在藥物研發中的應用、網路藥理學的常用資料庫與常用軟體；第5、6章分別介紹基於網路藥理學的中醫藥現代化、現代藥物研究的典型案例；第7、8、9章分別介紹基於藥物、疾病的網路藥理學實踐流程。本書對網路藥理學的發展歷程、網路靶標核心理論、主要研究方法、研究成果等進行論述，同時就網路藥理學方法、應用與實踐進行了多方面研討和總結。全書理論與應用兼顧，論述深入，案例翔實。本書適用於網路藥理學、中藥藥理學、藥理學、中醫學、中西醫結合、系統生物學、生物資訊學、網路科學等相關專業領域人員，以及對中西醫藥與資訊科學交叉研究感興趣的人員。



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	目錄第1章網路靶標理論與網路藥理學 1.1網路藥理學：下一代藥物研究模式 1.2中醫藥在網路藥理學起源和發展中的關鍵作用 1.3網路藥理學核心理論：網路靶標 1.3.1網路靶標理論的提出與發展 1.3.2網路靶標的概念 1.4網路藥理學研究模式和特點概述 1.4.1“單靶標-局部對抗”研究模式 1.4.2“網路靶標-系統調節”研究模式 1.4.3網路藥理學分析典型場景 1.4.4網路藥理學研究特點、挑戰及發展方向參考文獻第2章基於人工智慧演算法的網路藥理學在藥物研發中的應用 2.1運用於網路藥理學的人工智慧方法介紹 2.1.1人工智慧演算法簡介 2.1.2人工智慧演算法性能評價方法 2.1.3人工智慧方法應用條件 2.1.4人工智慧方法的前沿和展望 2.2人工智慧在網路藥理學研究中的應用 2.2.1藥物靶點的預測和發現 2.2.2藥物作用機制的研究 2.2.3藥物新用途的發現 2.2.4中藥物質基礎與中醫治療理論的研究 2.3人工智慧方法的應用展望參考文獻第3章網路藥理學常用資料庫 3.1網路藥理學常用中醫藥資料庫 3.1.1ETCM：中醫藥百科全書 3.1.2SymMap：關注證候關聯的中醫藥整合資料庫 3.1.3BATMAN-TCM：中藥分子機制的生物資訊學分析平臺 3.1.4TCMID：用於中藥分子機制分析的中醫藥整合資料庫 3.1.5其他中醫藥資料庫 3.2網路藥理學常用生物相關資料庫 3.2.1OMIM：人類孟德爾遺傳病線上資料庫 3.2.2HPO：人類表型本體資料庫 3.2.3DisGeNET：疾病基因關聯資料庫 3.2.4MalaCards：疾病資訊資料 3.3網路藥理學常用靶標相關資料庫 3.3.1TTD：治療靶標資料庫 3.3.2PDB：蛋白質晶體結構資料庫 3.3.3GeneCards：基因資訊資料庫 3.3.4KEGG：京都基因與基因組百科全書 3.4網路藥理學常用蛋白相互作用資料庫 3.4.1BioGRID：生物學通用相互作用資料庫 3.4.2DIP：蛋白質相互作用資料庫 3.4.3IntAct：分子相互作用資料庫 3.4.4STRING：基因/蛋白相互作用關聯式資料庫參考文獻第4章網路藥理學常用軟體 4.1網路藥理學軟體功能框架及分類 4.1.1總體軟體功能需求 4.1.2網路藥理學軟體功能框架及分類 4.2網路藥理學常用的web軟體 4.2.1藥物靶標預測web軟體 4.2.2藥物適應症分析web軟體 4.2.3基因功能富集分析Web軟體 4.2.4蛋白相互作用網路構建web軟體 4.3基於圖形化介面操作的軟體 4.3.1差異基因富集分析軟體 4.3.2網路分析軟體 4.4基於程式設計語言的工具包 4.4.1NetworkX 4.4.2igraph 參考文獻第5章網路藥理學和中醫藥現代化研究案例 5.1網路藥理學與中醫證候研究案例 5.1.1寒、熱證候及對證方劑的網路藥理學研究案例分析 5.1.2慢性乙型肝炎致肝纖維化的“同病異證”研究案例分析 5.2網路藥理學與中藥方劑研究案例 5.2.1中藥複方距離的交互資訊模型DMIM研究分析 5.2.2六味複方的網路藥理學分析 5.3網路藥理學與中藥創制研究案例 5.3.1基於網路靶標的多成分協同識別方法 5.3.2青蒿素抗惡性瘧原蟲的多靶點機制研究分析 5.4網路藥理學與民族藥研究案例 5.4.1三種稀薟草的化學成分和藥理作用對比研究分析 5.4.2白花蛇舌草抗非小細胞肺癌的機制研究分析 5.5網路藥理學與靠前傳統醫藥研究案例 5.5.1巴西紅厚葉提取物的抗癌活性研究分析 5.5.2濱海前胡提取物對骨關節炎的保護作用參考文獻第6章網路藥理學與現代藥物研發案例 6.1複雜疾病內在機制和干預靶標 6.1.1轉錄因數POU3F2調節精神疾病患者腦組織的基因共表達網路 6.1.2基於網路的CRISPR-Cas9組合篩選識別人類細胞中的協同作用模組 6.2藥物系統性作用機制 6.2.1基於網路的計算藥物療效篩選 6.2.2通過轉錄回應發現藥物作用機制和藥物重定位 6.3多靶標藥物研發 6.3.1缺血性中風：從單一藥物靶標到協同的網路藥理學 6.3.2聯合網路藥理學與表型篩選開發新的止痛類藥物 6.4藥物重新定位 6.4.1基於網路的藥物重定位預測及基於人群的驗證 6.4.2基於網路藥理學的藥物重定位發現新的抗抑鬱藥物 6.5組合藥物研發 6.5.1基於網路的藥物組合預測 6.5.2結合基因組和網路特徵預測協同的抗癌藥物組合參考文獻第7章基於藥物的網路藥理學實踐流程 7.1尋找單味中藥或方劑的有效成分 7.1.1資料獲取與處理 ……