本書以「蔣中正的一九四九」為題，並不準備對蔣中正在一九四九年的各項作為進行研究，而是將重點置於蔣中正自一九四九年一月下野至一九五○年三月復行視事一年多的時間中，探討他如何再起？再起的過程與機遇。全書除前言、結論外，分為五章：第一章「第三次下野」，探討蔣氏決定下野的原因，以及下野之經過；第二章「從溪口到臺北」，敘述蔣氏下野後，居留溪口的生活，以及轉赴上海、舟山、臺灣等地之過程；第三章「建立黨政關係常軌」，分析蔣氏在杭州會談、成立非常委員會，以及閻錫山出任行政院院長等事中的地位；第四章「維護大陸最後據點」，探討蔣氏兩度至西南的情形，以及其在李宗仁出國後，角色如何轉換，從幕後走上前台；第五章「在臺復行視事」，探討蔣氏個人對於復任總統問題的認知，以及復職一事進行之經過。
本書重點在探討蔣中正在一九四九年下野之後，如何重新再起，復任總統的過程，以及他個人對相關問題的思考、判斷。資料方面以蔣氏所留存相關資料，包括國史館庋藏《蔣中正總統檔案》、《蔣經國總統檔案》與蔣氏家屬所保存《蔣中正日記》； 及史政單位所收集或保存之蔣氏相關資料，如中國國民黨中央文化傳播委員會黨史館藏《總裁檔案》、《會議記錄》等為主。此外並參閱相關當事人留存之資料，如張群之《中行廬經世資料》，邱昌渭往來函電，張群、吳忠信、徐永昌、閻錫山、居正、胡宗南、丁治磐、雷震等日記，以及李宗仁、黃旭初、程思遠、蔣經國等回憶錄。
在近代中國歷史上，常有一些年代具有歷史轉折的特殊意義，而成為歷史研究的主題，一九四九年即是其中之一。在國共戰爭的較量中，中國在一九四九年出現重大的變化。
一九四九年四月，中華民國首都南京陷落，政府遷到廣州；十月，中華人民共和國在北京宣布成立，開啟了一個中國各自表述的局面。而中華民國政府在軍事失敗一路轉進的情況下，從廣州、重慶、成都，於十二月初播遷臺北，形成此後將近一甲子的海峽兩岸對峙局面。有研究者稱一九四九年為「中國的關鍵年代」，謂：
二次世界大戰結束後，中國得到勝利並沒有帶來和平。一九四五年到一九五○年間，戰後中國政局演變至為激烈，國共的慘烈鬥爭隨著東西冷戰的形成而益趨複雜。此期間一九四九年的變局：中共建國、中華民國政府播遷臺灣、加上接著發生的韓戰，造成其後半世紀海峽兩岸的長期對峙，實是歷史上的一大轉折。
亦有研究者認為這一年是「中國社會的大變革」，表示：
一九四九年在中國大地上發生的，並不只是一個政權代替了另一個政權、一種政治力量代替了另一種政治力量，而且是一場中華民族歷史上前所未有的社會大變革。
更有研究者如此形容一九四九年的重要性：「一九四九，不僅是一種符號，更是時代的爆破點，它造成了前所未見的歷史海嘯。」但是不論如何陳述，從本質上來看，一九四九年是一個動盪的年代。
作為一個動盪的年代，一九四九年可以討論的人與事很多，但是相較於西方學界對於戰後國共關係或失去中國的研究，或許一九四九年所具有的特殊意義，海峽兩岸學界關於「一九四九年」的學術研究，在一九九九年之前是較為少見的。隨著時間的推移，當一些過去視為敏感的議題不再是禁忌時，一九四九年相關的人與事逐漸成為歷史研究的主題。
一九九九年為「一九四九年」的五十週年，是年十二月，臺北與北京各自舉行一場以「一九四九年」為主題的學術研討會，推動了一九四九年的相關研究，會後分別出版《一九四九年：中國的關鍵年代學術討論會論文集》及《劃時代的歷史轉折－一九四九年的中國國際學術討論會論文集》兩本會議論文集，呈現出關於「一九四九年」的初期研究成果。此後，以一九四九年為主題的研究陸續出現，如傅國湧從十四位知識份子一九四九年的日記，探討他們個人在這一年的生活、感覺；張仁善從軍事、經濟、城市、農民、知識份子、學校、工商界、媒體及社會問題等九個方向，探討一九四九年的中國社會變遷；陳錦昌以「遷臺」為主軸，參閱相關史料及論文，建構中華民國政府播遷臺灣的過程；吳興鏞根據其父吳嵩慶遺留的資料及相關檔案，探討一九四八年底至一九四九年，中央銀行庫存黃金運臺的經緯； 林桶法以「大撤退」為題，探討蔣中正暨政府機關與人民於一九四九年遷臺的經過等。
此外，亦有以一九四九年國共軍事戰略、知識份子抉擇為主題的相關論文。日本學者也注意到「一九四九年」在民國史研究的重要性，自二○○二年起進行連續四年的研究計畫，並於二○○六年十二月出版久保亨編著的《一九四九年前後之中國》，從「斷裂與延續」的角度探討一九四九年前後的中國，為一九四九年研究提出一個新的思考方向。
在一九四九年的研究中，蔣中正及其相關人與事無疑是一個十分重要的主題。蔣中正身為中華民國總統，雖然在一九四九年一月宣布下野，但是仍然擔任中國國民黨總裁，政治上的影響力並未因此而減弱。而代行總統職權之副總統李宗仁一再指稱他在幕後操縱政局，甚至要求其出國，更顯示他在這個關鍵年代的特殊地位。在蔣中正的相關傳記中，對於他在一九四九年前後的相關活動，大多闢有專章，作相當篇幅陳述，但是以此為主題，進行討論之學術論文或專著並不多見，反而有不少非學術性作品出現，以類似小說的筆法敘述蔣氏在這一年的經歷。
對蔣中正而言，一九四九年是他一生中最感屈辱的一年。他於一九四九年日記之總反省錄中回顧一年來身受各種遭遇，記道：
本年一年中之生活，所見所聞與身受各種遭遇，無非為人唾棄，為世譏刺，恥辱悲慘，於茲為甚。
一九五一年二月二十一日，重閱一九四九年之日記，記道：
重閱三十八年日記，更覺當年環境與形勢之可怕，至於悲慘與侮辱之經歷，則不足道矣。
至一九五四年二月十一日，回憶一九四九年底西南失陷的情形，記道：
回憶三十八年杪，渝蓉陷落之情勢，匪軍縱橫，所向披靡，敵騎未至，疆吏早降，民心土崩，士氣瓦解，其敗亡形勢，不惟西南淪陷莫可挽救，即臺灣基地亦岌岌欲墜，不可終日。當此之時，共匪定余為戰犯，欲得而甘心，而一般叛將敗類，設辭攻訐，更予人不堪之侮辱，乃以中正為仇寇之不容，而反以共匪為可君矣。
從這三段日記來看，蔣氏不僅在一九四九年當年，即使在時隔數年之後，對於這一年各種經歷的記憶，依然是「悲慘」、「侮辱」，顯示一九四九年對他而言，有著難以磨滅的悲憤。
除了日記上的自我反省外，蔣氏亦曾多次在對中國國民黨黨員講演中，以「亡國」兩字形容一九四九年的處境，表示：「本黨的革命事業到了今天可以說已經失敗了！總理領導我們艱苦奮鬥建立起來的中華民國，已經在我們手裡被敵人滅亡了！」並強調自己不僅是帶罪之身，而且是以「亡國之奴」的心情來對同志講話；藉此激勵黨員同志。
在一九四九年一直隨侍蔣氏的長子蔣經國，於一九五九年撰寫之〈危急存亡之秋〉，以「日記」體裁，陳述個人在這一年的經歷，但就其內容而言，充分呈現蔣中正在一九四九年的心情與處境，為蔣氏一九四九年日記未公佈前的忠實記錄。他在該文〈自序〉中稱：「民國三十八年，可以說是中華民族的『危急存亡之秋』；在這一年之中，國家民族所遭遇的危險困難，以及我父親所處的地位環境，乃是空前未有的惡劣和複雜。」
蔣中正對於一九四九年雖然感到屈辱、悲憤，是革命生涯中最大的挫折，但是從他一生事業來看，一九四九年亦是他人生另一個階段的開始；雖然被指稱為「失去中國的人」，卻是建設臺灣的奠基者。論者嘗謂蔣中正是一個「大冒險家」，若就一九四九年的挫折與再起來看，確實如此。蔣氏從一九二四年五月出任陸軍軍官學校校長，至一九七五年四月病逝於中華民國第五任總統任內，執掌中國軍政大權達五十年之久，是二十世紀中國最具影響的人物之一。
在這五十年中，可以一九四九年為界，分為兩個階段：從一九二四年至一九四九年的二十五年，蔣氏的活動空間在中國大陸，從領導北伐、剿共、抗戰至戡亂，是他生涯中的第一個階段；一九四九年底，國共戰爭失敗，政府播遷臺灣，從一九五○年至一九七五年的二十五年間，蔣氏在臺灣，創造了他生涯中另一個階段。但是蔣氏如何扭轉他個人的命運？
蔣中正在一九四九年一月下野之後，除了在溪口的三個月，生活較為安定外，其餘時間大多是奔走於政府所控制的各個地區，從上海、舟山，到達臺灣，再以臺灣為基地進出大陸，至福州、廣州、重慶、成都、昆明、廈門等地，力挽危局；期間還以中國國民黨總裁的身份，赴菲律賓及韓國訪問，結合反共力量。值得注意的是他在下野之後，沒有任何政府的職務，只是中國國民黨總裁，依憲政體制，執政黨的領導人應遵守黨政分際，不應亦不宜干預或主導屬於政府部門的軍政事務，但是以他掌握中國軍政大權二十餘年，所累積的政治實力與能量，實不容許他置身事外。蔣經國曾引述蔣中正的話語說：
本年憂患艱危忍辱茹辛，在內奸外敵重重包圍夾擊之下，幾乎無倖存之理，而乃竟能出死入生堅忍不撼。
蔣經國亦說
父親自三十八年初，第三次下野以來，一直到舟山撤退為止，可說是最艱苦的時期；然而用最大的忍耐力，把這個最嚴重的難關渡過了。
蔣氏為何「忍辱茹辛」？為何「用最大的忍耐力」？他如何在黨、政之間取得他的位置，持續在軍政事務上的影響力？如何能「以在野之身對內對外」？以及如何復任總統？筆者認為這些都是值得探討的問題。
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