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《瘟疫論》不僅傳承與發展了宋以前的傷寒學說、《素問》《靈樞》宣導的熱病學說,而且發展了古代的疫病理論和開創了雜氣致病學說,為清代溫病學奠定了基礎。吳又可宣導的疫氣致病理論,接近現代醫學的微生物致病學說,是當時世界上優選的病原學說,至今仍有臨床指導意義。
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